1580年（天正８）、織田信長の大和一国破城令にしたがって破却された。1584年、筒井順慶によって復興。その翌年には豊臣秀長が大和に入国、郡山城とともに高取城も重視、秀長の命により本田正俊が本格的な修理を行った。

高取城の築城用石材として、飛鳥地方の古社寺の礎石や石造物が運び込まれ、それらしき石材が石垣にみえる。