三時期の宮殿にかかわる遺構の存在が確認されている。舒明天皇の飛鳥岡本宮、皇極天皇の飛鳥板蓋宮（いたぶきのみや）、斉明・天智天皇の後飛鳥岡本宮、天武・持統天皇の飛鳥浄御原宮（きよみはらのみや）の宮殿があったことが、発掘調査によりほぼ解明されている。