旧官幣大社。1889年（明治22）に、内務省告示で官幣中社吉野宮創立、吉水神社に祀られていた後醍醐天皇の尊像が、吉野神宮の本殿に遷座され、創祀された。1892年（明治25）の御鎮座祭には明治天皇の勅使が参向した。