4月下旬から5月中旬にかけて、境内には1千株のヒラドツツジ、サツキ、ボタンなどが、色とりどりに咲き誇る、関西花の寺第22番札所。
寺伝によると、葛城を訪れた行基の夢枕に老人が現れ、「ここから東の山に船形の石がある。その上に薬師如来を祀るように」と告げた。夢から覚めた行基は、お告げのとおりに石を見つけ、そこに堂を建て、薬師如来を祀ったことに始まるという。
平安時代には、空海が一時的に船宿寺にとどまったという記録もある。