国指定の重要文化財。建造形式は、桁行三間、梁行三間、一重、寄棟造、本瓦葺。もとは佛起山普賢寺（ぶっきざんふげんじ）と言われていたが、明治の廃仏毀釈により普賢寺が廃絶することになり、正蓮寺に管理が引き継がれた。大日堂は文明十年（1478年）の上棟札があり、完成は1485年。室町時代の小規模な仏堂としては貴重である。本尊の大日如来坐像は鎌倉時代作とされ、国の重要文化財に指定されている。