天香山神社の祭神は櫛真智命神（くしまちのみことのかみ）。
境内にある「朱桜（にわざくら）」の古名で知られる「波々架の木（ははかのき）」は、その昔占いに用いられたという。「古事記」の天岩戸神話には、天香具山の雄鹿の骨を抜き取って「朱桜」の木の皮で焼き、吉凶を占ったとある。