1863年8月、土佐の吉村寅太郎、備前の藤本鉄石らが武力討幕の先駆けになろうとして天誅組を結成。天誅組は桜井寺を本陣と定め、「五条御政府」あるいは「五条御役所」と唱え陣容を整えている。しかし、挙兵後わずか4日後には、本陣を天辻に移し態勢の立て直しを図ってる。