信貴山は、聖徳太子が戦の必勝祈願をしたところ、毘沙門天王の御加護によって勝利したことから「信ずべし貴ぶべき山」＝「信貴山」と名付けたことに始まります。

また醍醐天皇が病気の時には本山の毘沙門天王への祈願によって快癒。天皇より「朝護孫子寺」の勅号を賜り、以来、信貴山朝護孫子寺と称することとなりました。寺号には朝廟安穏・守護国土・子孫長久の祈願所という意味が込められています。

しかし戦国時代、付近に信貴山城が築かれると、天正5年（1577）に城主・松永久秀と織田信長の間で起こった信貴山城の戦いにて、城に放たれた火が延焼し堂塔60余宇が全焼します。

後に豊臣秀頼によって本堂が再建、伽藍も再興しますが、本堂は昭和26年（1951）に再び焼失。同33年（1958）に再建され、現在に至ります。